Όταν ανέλαβε την Ομόνοια στις 15 Απριλίου του 2011,  όλοι πίστευαν ότι θα ήταν μια προσωρινή λύση στον πάγκο της ομάδας μετά την λύση της συνεργασίας με τον Ντούσαν Μπάγιεβιτς. Ο Κύπριος τεχνικός , πριν να έρθει στους «πράσινους» ήταν βοηθός τεχνικός στην Εθνική Κύπρου , ενώ προηγουμένως δούλεψε σε ΑΣΙΛ και ΑΕΚ Λάρνακας. Όμως   με το που πάτησε το πόδι του στο Ηλίας Πούλλος κατάφερε να αλλάξει άρδην το κλίμα και  να οδηγήσει  την Ομόνοια στην κατάκτηση του Κυπέλλου στον τελικό με τον Απόλλωνα μετά από έξι χρόνια ξηρασίας. Αυτή η επιτυχία οδήγησε την διοίκηση των «πρασίνων» να τον εμπιστευτεί και του έδωσε το δικαίωμα να συνεχίσει το έργο του. Ο Κύπριος τεχνικός θα λέγαμε ότι «άρπαξε την ευκαιρία από τα μαλλιά» με την κατάκτηση του τροπαίου και είχε πλέον την μεγάλη πρόκληση να οδηγήσει την Ομόνοια σε νέες επιτυχίες. Η πρόκληση αρχικά ήταν να οδηγήσει την Ομόνοια να κάνει την υπέρβαση στην Ευρώπη. Η Ομόνοια του Λάρκου ήταν εντυπωσιακή όταν απέκλεισε την Ολλανδική Ντε Χάνγκ , όμως φάνηκε άτυχη για να κάνει την υπέρβαση αφού η πρόκριση με την Σάλτσμπουργκ χάθηκε στις λεπτομέρειες. Ο αποκλεισμός ήταν πλήγμα για τους «πράσινους» , όμως η Ομόνοια συνέχισε να είναι ανταγωνιστική στο πρωτάθλημα και έδωσε την μάχη για να βρεθεί ξανά στην κορυφή , κάτι όμως που δεν επιτεύχθηκε. Οι «πράσινοι» όμως ευτύχησαν να κάνουν το back 2 back με την κατάκτηση του Κυπέλλου όταν κέρδισαν την πρωταθλήτρια  ΑΕΛ στον τελικό με 1-0. Ο Νεόφυτος Λάρκου μέσα σε ένα χρόνο παρουσίας του οδήγησε την Ομόνοια στην κατάκτηση δύο τροπαίων. Η Ομόνοια όμως άρχισε να λυγίζει από τα οικονομικά προβλήματα. Έγιναν αρκετές αλλαγές στην ομάδα και ο Κύπριος τεχνικός μπήκε στην διαδικασία να κτίσει την ομάδα ξανά από την αρχή. Ο μεγάλος στόχος ήταν να βρεθεί η Ομόνοια στους ομίλους του Γιουρόπα Λίγκ. Η κλήρωση έφερε αντίπαλο τον Ερυθρό Αστέρα. Στο Βελιγράδι στον πρώτο αγώνα πραγματοποίησε πολύ καλή εμφάνιση. Το 0-0 έδινε ελπίδες για να περάσει στην επόμενη φάση στον επαναληπτικό του Γ.Σ.Π. Δυστυχώς η πρόκριση χάθηκε στην ρωσική ρουλέτα. Ο αποκλεισμός έκανε ακόμη χειρότερα τα δεδομένα στο οικονομικό. Τελικά η ισοπαλία με τον Εθνικό Άχνας έφερε το τέλος της συνεργασίας με τον Κύπριο τεχνικό μετά από 17 μήνες. Οι πληροφορίες σήμερα ανέφεραν ότι ο Νεόφυτος Λάρκου ένιωσε θιγμένος για την αμφισβήτηση του έργου του και πήρε την απόφαση όπως αποχωρήσει από την Ομόνοια κάτι που τελικά επιβεβαιώθηκε με την λύση της συνεργασίας κοινή συνεναίση.
Γενικό συμπέρασμα είναι ότι ο Νεόφυτος Λάρκου κατάφερε μέσα στα προβλήματα που είχε η Ομόνοια,  να κάνει την υπέρβαση του,  σαν τεχνικός που δεν είχε αρκετές εμπειρίες στην πλάτη του. Πήρε δύο Κύπελλα  , μια ασπίδα και  με λίγη τύχη θα μπορούσε να έκανε ακόμη περισσότερα. Σίγουρα κέρδισε πάρα πολλά από την Ομόνοια από τις εμπειρίες που πήρε  και είναι δεδομένο ότι θα τον βοηθήσουν στην συνέχεια. Όμως παράλληλα από τον Νεόφυτο Λάρκου κέρδισε και η Ομόνοια.
Είναι δεδομένο ότι ο Λάρκου φεύγει με το κεφάλι ψηλά. Από εκεί και πέρα το ενδιαφέρον επικεντρώνεται στην επόμενη μέρα των πρασίνων και ποιος θα είναι αυτός που θα τον αντικαταστήσει και τι περισσότερο θα περιμένουν απο τον διάδοχο του μέσα στα τεράστια προβληματα που αντιμετωπίζει το σωματείο.