Την απόφαση να εγκαταλείψει τη δράση ανήμερα των 39ων γενεθλίων του πήρε ο Ζουνίνιο Περναμπουκάνο, όπως έκανε γνωστό ο πρόεδρος της Βάσκο ντα Γκάμα.
"Θέλω να κάνω την απόφαση του Ζουνίνιο Περναμπουκάνο επίσημη. Κατά τη διάρκεια της εβδομάδας ήδη μιλούσαμε σχετικά με αυτό και αποφάσισε να τελειώσει την καριέρα του. Την Δευτέρα, ο Ζουνίνιο θα είναι το αποχαιρετιστήριο ματς του Ζουνίνιο ως αθλητής της Βάσκο. Θα δώσει μια συνέντευξη Τύπου και οι δημοσιογράφοι θα είναι σε θέση να ρωτήσουν ό,τι θέλουν", ήταν το σχόλιο του Ρομπέρτο Ντιναμίτε.
Ο εκ των κορυφαίων εκτελεστών φάουλ όλων των εποχών άρχισε την επαγγελματική του καριέρα το 1993 στην Σπορτ ντο Ρεσίφε και μετά από δύο χρόνια έκανε το μεγάλο βήμα, παίρνοντας μεταγραφή στην Βάσκο ντα Γκάμα, τη φανέλα της οποίας φόρεσε για έξι χρόνια.
Το 2001 ο Ζουνίνιο Περναμπουκάνο μεταπήδησε σε μία ομάδα που δεν είχε πάρει ποτέ το γαλλικό πρωτάθλημα και μετά από οκτώ χρόνια παρουσίας του, η Λιόν πανηγύρισε επτά συνεχόμενες κατακτήσεις.
Στις 26 Μαΐου 2009 έγινε γνωστό ότι αποχωρεί από τους "γκον", στις 17 Ιουνίου υπέγραψε διετές συμβόλαιο συνεργασίας με την Αλ Γκαράφα του Κατάρ έναντι του ποσού των 2.500.000 ευρώ και μετά από λίγους μήνες πανηγύρισε το τρεμπλ.
Στις 27 Απριλίου 2011 ο Βραζιλιάνος μεσοεπιθετικός επέστρεψε στην Βάσκο ντα Γκάμα, αλλά αποχώρησε σύντομα. Στις 17 Δεκεμβρίου 2012 υπέγραψε στους Νιου Γιορκ Ρεντ Μπουλς, ωστόσο μετά από οκτώ μήνες επέστρεψε για την τρίτη και τελευταία του θητεία στην ομάδα που τον έκανε γνωστό στην Ευρώπη.
Το όνομα του Ζουνίνιο γράφτηκε στην ιστορία του ποδοσφαίρου για τις αριστοτεχνικές εκτελέσεις φάουλ και τις ασύλληπτες ασίστ του. Χαρακτηριστικό είναι το 1/3 των γκολ του (και λίγο παραπάνω), σημειώθηκε από στημένη φάση (76 επίσημα γκολ με φάουλ).
