Ο Μάρκος έφτασε στα ημιτελικά του Brisbane International κατά την πρώτη εβδομάδα της σεζόν, όπου έπαιξε με τον Grigor Dimitrov, πριν προχωρήσει στον τρίτο γύρο του Αυστραλιανού Όπεν στη Μελβούρνη, όπου νικήθηκε από το Νο.5 παγκοσμίως David Ferrer.
Ο πρωταθλητής μας μαζί με τον Βούλγαρο Dimitrov βρέθηκαν στο γήπεδο και ως συμπαίκτες καθώς, παίζοντας μαζί στα διπλά του Αυστραλιανού Όπεν, πέτυχαν σημαντικές νίκες αντιμετωπίζοντας μεταξύ άλλων το δίδυμο Max Mirnyi και Horia Tecau (τέταρτους στην κατάταξη seeds), οδηγώντας τους στον τρίτο γύρο του τουρνουά. Τη Δευτέρα κατά τον τρίτο γύρο του Αυστραλιανού Όπεν, στα διπλά, οι Παγδατής- Dimitrov ηττήθηκαν σε ένα δυνατό παιγνίδι με τους Κολομβιανούς Juan Sebastian Cabal και Robert Farah, με σκορ 7-6(6), 7-6(5).
Η πρόοδος που σημείωσε ο Μάρκος Παγδατης στα παιχνίδια των τελευταίων μηνών, ήταν ιδιαίτερα σημαντική και αναμένεται πως θα συνεχίσει την ανοδική του πορεία στην παγκόσμια κατάταξη της ATP, όταν επιστρέψει στο γήπεδο για τα επόμενα τουρνουά τον Φεβρουάριο. Στο πρόγραμμα των αγώνων, ο Μάρκος θα παίξει πρώτος στο PBZ Zagreb Indoors, όπου το 2007 είχε κερδίσει τον τίτλο με νίκη έναντι του Ivan Ljubicic, ενώ έφτασε στα ημιτελικά πέρσι. Το παιγνίδι στο Ζάγκρεμπ ξεκινά τη Δευτέρα 4 Φεβρουαρίου.
Μετά το Ζάγκρεμπ ο Μάρκος θα ταξιδέψει στο Ρότερνταμ για το ABN AMRO World Tennis Tournament στις 11 Φεβρουαρίου και μετά θα διαγωνιστεί στο Dubai Duty Free Tennis Championships την εβδομάδα που ξεκινά στις 25 Φεβρουαρίου 2013.