Ανοιχτούς οικονομικούς λογαριασμούς και με το Πανεπιστήμιο Κύπρου φαίνεται πως έχει ο Μιλτιάδης Νεοφύτου, με την υπόθεση να παίρνει το δρόμο της δικαιοσύνης. Εταιρεία και πανεπιστήμιο διαφωνούν ως προς τα χρήματα που αξιώνονται από τον κ. Νεοφύτου για κτήριο του ιδρύματος. 

Σύμφωνα με ρεπορτάζ της εφημερίδας Φιλελεύθερος, ο κ. Νεοφύτου απαιτεί επιπρόσθετο ποσό της τάξης των €3,5 εκατ. ως αποζημίωση για κτήριο του Πανεπιστημίου Κύπρου. Από την πλευρά του, ο Πρύτανης του Πανεπιστημίου Κωνσταντίνος Χριστοφίδης, υποστηρίζει ότι το ποσό των αποζημιώσεων δεν ξεπερνά τις €90.000, σύμφωνα με τους υπολογισμούς των αρμόδιων υπηρεσιών του Πανεπιστημίου.

Στη συγκεκριμένη υπόθεση ενεπλάκη και η Γενική Ελέγκτρια Χρυστάλλα Γιωρκάτζη, η οποία  υποστηρίζει τη θέση του Πρύτανη, εμποδίζοντας έτσι την καταβολή των χρημάτων στην εταιρεία. Το ποσό που ζητεί η εταιρεία, το οποίο θα δινόταν λίγο πριν την εκπνοή της θητείας της Κυβέρνησης Χριστόφια,  χαρακτηρίζεται ως παραφουσκωμένο από το Πανεπιστήμιο.

Η απαίτηση για αποζημιώσεις προέκυψε μετά την ολοκλήρωσης των εργασιών του κτηρίου Κοινωνικών Δραστηριοτήτων του Πανεπιστημίου από την εταιρεία του κ. Νεοφύτου το Σεπτέμβριο του 2010. το κόστος του έργου ανήλθε στα €19 εκατ. περίπου.

Ωστόσο, ο κ. Νεοφύτου απαίτησε την καταβολή αποζημιώσεων, λόγω καθυστέρησης στη συμπλήρωση των εργασιών, καθυστέρηση την οποία αποδίδει στο ίδιο το πανεπιστήμιο.