Σύμφωνα με τα στοιχεία που κατατέθηκαν στη Βουλή, ο προϋπολογισμός του 2013 προβλέπει δαπάνες της τάξης των €10,4 εκ. σε σχέση με τον αρχικό προϋπολογισμό του 2012 της τάξης των €11,14 εκ., ο οποίος ωστόσο αναθεωρήθηκε στα €10,28 εκ. περίπου. Ο Οργανισμός προβλέπεται το 2013 να λάβει κρατική χορηγία της τάξης των €9,2 εκ. στο ίδιο επίπεδο με το 2012.
Σχεδόν €7,98 εκ. ή 76,7% είναι δαπάνες για το προσωπικό, €2,18 εκ. ή 21,0% λειτουργικές δαπάνες και 237 χιλιάδες περίπου ή 2,3% για κάλυψη κεφαλαιουχικών δαπανών.Σημειώνεται ότι με βάση τις οδηγίες του Υπουργείου Οικονομικών για μη αντικατάσταση των εκτάκτων υπαλλήλων που αποχωρούν ή αφυπηρετούν, η πρόνοια για τους μήνες εργοδότησης έκτακτου προσωπικού περιορίζεται στο έκτακτο προσωπικό που περιλαμβανόταν στον προϋπολογισμό του 2012, παρά το γεγονός ότι κάποια άτομα αφυπηρέτησαν το 2012.
Η απαγόρευση πρόσληψης πρόσθετου έκτακτού προσωπικού, αναφέρεται, «ενδέχεται να δημιουργήσει σοβαρό πρόβλημα τον Οργανισμό». Αυτό, επειδή επίκεινται και άλλες αφυπηρετήσεις και πιθανές άλλες αποχωρήσεις έκτακτου προσωπικού το 2013.Αν ο αριθμός των υπαλλήλων αυτών είναι μεγάλος και η εξεύρεση αντικαταστάτη ή η επίτευξη εσωτερικής μετακίνησης είναι δύσκολη τότε πιθανόν να προκύψει σοβαρό πρόβλημα στην απρόσκοπτη διενέργεια του έργου του ΚΟΑΠ, προστίθεται. Προς αυτό δίνεται το παράδειγμα πιθανών καθυστερήσεων στη διεκπεραίωση μέτρων επιδότησης ή ελέγχων, κάτι που, όπως αναφέρεται στο σχετικό σημείωμα, θα μπορούσε να οδηγήσει στην απώλεια κονδυλίων που έχουν δεσμευτεί για την Κύπρο ή στην επιβολή χρηματικών ποινών λόγω ανεπάρκειας απαιτούμενων ελέγχων ή μη τήρησης προθεσμιών πληρωμής.
Ο ΚΟΑΠ διαχειρίζεται όλα τα κονδύλια που διατίθενται στην Κύπρο στα πλαίσια της Κοινής Γεωργικής Πολιτικής της ΕΕ. Το 2013 υπολογίζεται ότι θα καταβάλει €7,5 εκ. για στήριξη των κοινών οργανώσεων αγοράς, από τα οποία το 92% χρηματοδοτείται από την ΕΕ και το 8% από εθνικούς πόρους. Θα καταβάλει ακόμη €52 εκ. στα πλαίσια των ενισχύσεων για εκταρική επιδότηση, ενίσχυση της μεταποίησης και ενισχύσεων για την κτηνοτροφία, από τα οποία 95% από ευρωπαϊκούς πόρους και 5% από εθνικά κονδύλια. Αναμένεται επίσης να καταβληθούν για τη στήριξη της αγροτικής ανάπτυξης περίπου €45 εκ. με ποσοστό συγχρηματοδότησης από την ΕΕ κατά 50%.Στον Οργανισμό υπηρετούν συνολικά 231 άτομα εκ των οποίων 2 αξιωματούχοι, 126 μόνιμοι και 103 έκτακτοι υπάλληλοι.
Όσον αφορά στις λειτουργικές δαπάνες του ΚΟΑΠ προβλέπονται μεταξύ άλλων €491.600 για ενοίκια, €158.400 για φωτισμό, θέρμανση και καύσιμα, €120.000 για τηλεφωνικά τέλη και τηλεγραφήματα και €40.000 για ταχυδρομικά τέλη.
