Όταν Νοτιοαφρικανοί επιστήμονες ανακοίνωσαν ότι είχαν εντοπίσει μια νέα παραλλαγή του κορωνοϊού με ανησυχητικά υψηλό αριθμό μεταλλάξεων, ο κόσμος ενθουσιάστηκε για το πόσο γρήγορα μπόρεσαν να την εντοπίσουν.
Η χώρα επαινέστηκε για το ότι είχε ένα ισχυρό πρόγραμμα γονιδιωματικής αλληλουχίας, το οποίο της επέτρεψε να αναγνωρίσουν τις δυνητικά ανησυχητικές ιδιότητες της παραλλαγής που είναι τώρα γνωστή ως Όμικρον.
Όταν οι ιοί εξαπλώνονται στους πληθυσμούς, μεταλλάσσονται. Οι περισσότερες μεταλλάξεις δεν αλλάζουν σημαντικά τη συμπεριφορά ενός ιού, αλλά ορισμένες μπορεί να είναι ανησυχητικές. Η γονιδιωματική αλληλουχία περιλαμβάνει την αποκωδικοποίηση του γενετικού υλικού ενός ιού για τον εντοπισμό των μεταλλάξεων και τον προσδιορισμό της επίδρασης που μπορεί να έχουν στον ιό -- για παράδειγμα εάν θα μπορούσαν να τον καταστήσουν πιο μεταδοτικό ή πιο επικίνδυνο από την άποψη της σοβαρότητας της ασθένειας που μπορεί να προκαλέσει.
Η διαδικασία γίνεται σε εργαστήριο, ξεχωριστά από το τεστ για τον κορωνοϊό. Μπορεί να διαρκέσει οπουδήποτε από μερικές ώρες έως αρκετές εβδομάδες -- και κάθε χώρα έχει διαφορετική προσέγγιση.
Οι προσπάθειες αλληλουχίας σε όλο τον κόσμο αφήνουν πολλά περιθώρια βελτίωσης, αλλά η ανακάλυψη της παραλλαγής Όμικρον από τη Νότια Αφρική είναι ένα παράδειγμα του πώς οι εστιασμένες προσπάθειες μπορούν να κάνουν μεγάλη διαφορά.
«[Η ταυτοποίηση της Όμικρον] υπογραμμίζει τη συνεχιζόμενη σημασία και την ανάγκη για γονιδιωματική επιτήρηση του SARS-CoV-2 και πρόσβαση σε σχετικά δείγματα για να γίνει αυτό», είπε η Sharon Peacock, καθηγήτρια Δημόσιας Υγείας και Μικροβιολογίας στο Πανεπιστήμιο του Cambridge. προσθέτοντας ότι το Υπουργείο Υγείας της Νότιας Αφρικής και οι επιστήμονές του «θα πρέπει να επικροτηθούν για την ανταπόκρισή τους, την επιστήμη τους και για τον κώδωνα του κινδύνου στον κόσμο».
Τις τελευταίες 30 ημέρες -- κατά τη διάρκεια της οποίας η Όμικρον ήρθε στο παγκόσμιο προσκήνιο -- λιγότερες από το ένα τρίτο των χωρών και των περιοχών διέταξαν τα κρούσματα για να εντοπίσουν πώς άλλαξε ο ιός με την πάροδο του χρόνου, σύμφωνα με ανάλυση του CNN των δεδομένων που αναφέρθηκαν στην παγκόσμια επιστημονική πρωτοβουλία GISAID.
Σχεδόν το ένα τρίτο των 241 χωρών και εδαφών που παρακολουθεί ο Gisaid απέτυχε να ακολουθήσει περισσότερα από 100 δείγματα κατά τη διάρκεια της πανδημίας.
Τον περασμένο μήνα, όταν η παραλλαγή Όμικρον έγινε η πιο πρόσφατη παραλλαγή ανησυχίας, μόνο δώδεκα χώρες διεξήγαγαν αλληλουχία για περισσότερο από το 5% των περιπτώσεων Covid-19.
Ήταν η Δανία, το Μπαχρέιν, το Ισραήλ, η Καμπότζη, η Σουηδία, το Ηνωμένο Βασίλειο, η Γκάνα, το Λουξεμβούργο, η Σενεγάλη, η Αρούμπα, η Νέα Ζηλανδία και η Μποτσουάνα.
Άλλες 63 χώρες ακολούθησαν έναν μικρό αριθμό κρουσμάτων τον περασμένο μήνα, αλλά περισσότερες από 100 άλλες που το είχαν κάνει νωρίτερα στην πανδημία δεν ανέφεραν καμία αλληλουχία τον περασμένο μήνα.
Ωστόσο, οι αριθμοί δεν λένε όλη την ιστορία. Ορισμένες χώρες μπόρεσαν να αλληλουχήσουν μεγάλα ποσοστά των κρουσμάτων τους επειδή τα συνολικά επίπεδα μόλυνσης δεν είναι πολύ υψηλά. Αυτό συνέβη στη Δανία, το Μπαχρέιν και το Ισραήλ, για παράδειγμα, τα οποία επί του παρόντος δεν παρουσιάζουν μεγάλες αυξήσεις στα κρούσματα.
Το Ηνωμένο Βασίλειο ξεχωρίζει ως η μόνη χώρα που έχει υψηλό φόρτο κρουσμάτων και εξακολουθεί να είναι σε θέση να ακολουθήσει υψηλό ποσοστό των δειγμάτων του -- 13% τον περασμένο μήνα και κατά μέσο όρο κατά τη διάρκεια της πανδημίας.
Οι ΗΠΑ υστερούν με μόλις 2,6% περιπτώσεων αλληλουχίας τις τελευταίες 30 ημέρες και 4% συνολικά, σύμφωνα με τη βάση δεδομένων.
Ακόμη και μια μικρή αλληλουχία μπορεί να είναι χρήσιμη. Η Νότια Αφρική, για παράδειγμα, εξέτασε την αλληλουχία μόνο στο 0,3% των κρουσμάτων της τον περασμένο μήνα και στο 0,8% των περιπτώσεων συνολικά κατά τη διάρκεια της πανδημίας.
Ωστόσο, το υπουργείο Υγείας της χώρας και οι επιστήμονές του επικέντρωσαν τις προσπάθειές τους εκεί που είχε σημασία. Όταν παρατήρησαν ότι τα κρούσματα Covid-19 άρχισαν να αυξάνονται με πολύ υψηλότερο ρυθμό στην επαρχία Γκαουτένγκ σε σύγκριση με την υπόλοιπη χώρα, στόχευσαν εκεί τα δείγματα αλληλουχίας -- και με αυτόν τον τρόπο εντόπισαν τη νέα παραλλαγή.
Οι ΗΠΑ υστερούν με μόλις 2,6% περιπτώσεων αλληλουχίας τις τελευταίες 30 ημέρες και 4% συνολικά, σύμφωνα με τη βάση δεδομένων.
Ακόμη και μια μικρή αλληλουχία μπορεί να είναι χρήσιμη. Η Νότια Αφρική, για παράδειγμα, εξέτασε την αλληλουχία μόνο στο 0,3% των κρουσμάτων της τον περασμένο μήνα και στο 0,8% των περιπτώσεων συνολικά κατά τη διάρκεια της πανδημίας.
Ωστόσο, το υπουργείο Υγείας της χώρας και οι επιστήμονές του επικέντρωσαν τις προσπάθειές τους εκεί που είχε σημασία. Όταν παρατήρησαν ότι τα κρούσματα Covid-19 άρχισαν να αυξάνονται με πολύ υψηλότερο ρυθμό στην επαρχία Γκαουτένγκ σε σύγκριση με την υπόλοιπη χώρα, στόχευσαν εκεί τα δείγματα αλληλουχίας -- και με αυτόν τον τρόπο εντόπισαν τη νέα παραλλαγή.
